1916年(中华民国五年)6月13日，吴征镒出生于旧时官吏世家，排行老三，从小就非常喜爱植物，他8岁入家塾，念"四书五经"，读《唐诗三百首》和《古文观止》。 1929年(中华民国十八年)，就读江都县中。 1931年(民国二十年)，考入江苏省立扬州中学。 1933-1937年，进入清华大学，受的是"通才教育"，得名师朱自清、叶公超、陈桢、萨本栋、高崇熙等教授，转入专修植物学后，又得李继侗、吴韫珍二师指导，靠五哥吴征铠半薪资助和清寒奖学金才得以完成大学学业。 1937年(中华民国二十六年)，吴征镒从清华大学生物系毕业并留校任教。他随清华、北大和南开组成的西南联合大学迁到昆明。 1938年到1948年，整理了中国现代著名植物学家秦仁昌等从国外带回的所有植物标本照片。 1940年-1942年，进入西南联合大学理科研究所攻读研究生，师从生物系张景钺教授。 1949年，吴征镒参加北京市军管会工作，任高教处副处长，负责接受大专院校及科研单位。12月奉调新成立的中国科学院，任党组成员兼机关党支部书记。 1950年1-5月，吴征镒随竺可桢副院长赴沈阳、长春、哈尔滨等地考察，调查日、伪、俄留下的科研机构，为筹建东北地区各研究所布局探路;与张玺一道赴青岛考察海洋生物及水生生物科研情况。在调查解放前各研究所情况的基础上，整顿、合并、新建一批生物学口的研究所。 1950-1956年间，吴征镒参加或领导全国各大区资源综合考察，例如:橡胶宜林地考察、中苏热带生物资源考察、华南林业考察及华南热带生物资源考察、华东农业考察等，足迹遍及粤、桂、黔、滇地区，对中国植物区系、大农业、生态环境保护和合理利用资源等问题认识上有提升、思路上有新径。 1958年底，吴征镒率领科考队首次在景洪勐龙选点，在大勐龙曼养广龙创建了中国首个热带森林生物地理群落定位站。 1958年，吴征镒年逾不惑，亟思寻一安身立命之地，欲盼有所建树，毅然呈报院领导请调云南昆明，得到院领导首肯，举家迁往昆明，出任昆明植物研究所所长。这是吴征镒一生中的最大转折点。到了云南，吴征镒潜心研究，以了其植物学上的夙愿。 1959年，吴征镒又率领由中国科学院云南分院科技人员和云南大学生物系师生组成的科考队，深入西双版纳热带原始森林，进行实地勘察划界工作，创建了大勐龙、勐养等4个热带森林生态保护站，总面积为85.84万亩。 1964年，在北京召开的亚洲科学讨论会上，吴征镒宣读"中国植物区系的热带亲缘"，这是有关植物区系地理及起源的新创见。 1975-1976年，吴征镒两次进藏考察，从滇入藏，过三江峡谷，南至亚东、樟木，经青藏路返回，对西藏高原全貌有实际感触。归来到青岛疗养，期间他做处理西藏植物名录，着手编纂《西藏植物志》。 1980年5月，北京青藏高原科学讨论会上吴征镒就"西藏植物区系的起源及其演化"作了发言，阐述了西藏植物区系的性质和特征。 1980年代中至1990年代，吴征镒再进东北、内蒙，上大兴安岭、长白山和千山，加深了对北方植物区系的感性认识。接着是二次入疆，实睹戈壁荒漠及旱生草甸、草原植被、春雨和夏雨短命植物和原生苹果属自然林。直观天山、阿尔泰云杉植被和其他林带分布。稍后又对华中的梵净山、张家界、天平山、神农架，华西的灌县卧龙、九寨沟、黄龙寺等地，乃至东南的武夷山、天目山、千岛湖等，直至台湾，从台北、台中到台南直至最南端海岸(1998)，从而完成了国内的植物考察工作。 1983年，吴征镒一行前往英国考察。 1983年，吴征镒发表了题为《太平洋洲际间断分布的意义》(英文)的重要论文，并与王荷生合作完成了《中国自然地理-植物地理》(上册)。 1988年，吴征镒代表《中国植物志》编委会与美国科学院院士PeterH.Raven博士签订了《中国植物志》英文修订版《Floraof China》，吴征镒任中方主编。该书进展顺利，已完成全书25卷的过半数。 1990年后，在国家自然科学基金委支持下，吴征镒组织了"中国种子植物区系研究"大课题，并在15届国际植物学会上宣读了题为《东南亚植物区系的特征和界限》的论文，对世界植物区系分系统有所突破。 1999年8月，吴征镒给朱?基总理写了一封信。他在信中建议:"十分有必要尽快建立云南野生种质资源库，对其中有近期开发价值的野生种质资源进行遗传背景的分析研究，提取DNA进行分类保存，在此基础上进行合理开发。 2006年，90岁高龄的吴征镒率领弟子着手整理研究中国清代著名的植物学专著《植物名实图考》及其《长编》，开启了中国植物考据学研究的新篇。 2007年，他在91岁高龄的时候应邀出任《中华大典・生物学典》的主编。吴征镒凭借数十年积累列出了1300多种有价值的参考书目。他还凭惊人的记忆力，对史籍中提到的各种植物进行正本清源，并一一标注拉丁文学名。 2008年，他提出了"东亚植物区"的概念，认为是一最古老的植物区;还提出了被子植物起源"多系-多期-多域"的理论。 2013年6月20日凌晨1点31分，因病医治无效逝世，享年97岁。
