1922年12月13日,楼南泉出生于浙江省杭州市。
1942年,楼南泉考入位于重庆的国立中央大学化学工程系。
1946年,楼南泉从国立中央大学化学工程系毕业,并获得学士学位,毕业论文《酚醛树脂的研究》获得中国化学会颁发的“楚清”奖 。毕业后进入南京永利化学工业公司合成氨厂化学研究部工作,担任研究技术员(至1949年) 。
1949年,中华人民共和国成立后,楼南泉进入大连大学科学研究所,参与了中国科学院大连化学物理研究所的建设工作,并在该所历任助研、副研究员、研究员及研究室副主任、主任等职。
1978年,楼南泉担任中国科学院大连化学物理研究所副所长;同年在全国科学规划讨论中,他率先倡导在中国国内开展分子反应动力学研究,并在大连化学物理研究所组建和领导了中国第一个分子反应动力学实验室,建立了中国第一代分子束反应实验装置,开展分子束反应动力学和分子传能的研究。
1979年,楼南泉和曾宪康首次代表中国化学家参加了在意大利举行的第七届国际分子束会议,在这次会上他被聘任为国际分子束学术顾问委员会委员。
1980年,楼南泉担任中国科学院大连化学物理研究所学术委员会主任(至1992年)。
1981年,楼南泉被国务院任命为首批物理化学专业博士生导师及博士后指导教师。
1983年5月,楼南泉担任中国科学院大连化学物理研究所所长(至1986年8月) 。
1991年11月,楼南泉当选为中国科学院化学部学部委员,并同时当选为化学部常委(至1998年)。
1992年,楼南泉担任国家攀登计划项目A《态-态反应动力学及原子分子激发态》首席科学家(至1996年)。
2008年1月3日晚间,楼南泉在辽宁大连逝世,享年86岁