1956年至1963年清华大学电机工程系电机制造专业学习。
1963年至1967年上海人造板机器厂动力车间、铸钢车间技术员，厂长秘书。
1967年至1977年上海中华冶金厂动力车间技术员、车间党支部副书记。
1977年至1980年上海中华冶金厂革委会副主任、副厂长、工程师。
1980年至1982年上海市石化通用机械制造公司副经理。
1982年至1983年上海市第一机电工业局副局长。
1983年至1984年上海市委常委兼市工业工作党委书记。
1984年至1985年上海市委常委兼市委秘书长。
1985年至1986年上海市委副书记。
1986年至1991年上海市委副书记、副市长。
1991年至1994年上海市委副书记、市长。
1994年至1995年中央政治局委员，上海市委书记、市长。
1995年至2002年中央政治局委员，上海市委书记。
2002年中央政治局常委。
2003年3月任国务院副总理。
2007年6月2日2时03分在北京逝世，享年69岁。6月5日，黄菊同志遗体在北京八宝山革命公墓火化。
中共第十三届中央候补委员，十四届、十五届、十六届中央委员，十四届四中全会增选为中央政治局委员，十五届、十六届中央政治局委员，十六届中央政治局常委。
黄菊同志共产主义信念坚定，对党、对人民、对中国特色社会主义事业无限忠诚。他刻苦学习马克思列宁主义、毛泽东思想、邓小平理论和“三个代表”重要思想，深入贯彻落实科学发展观，坚决执行党的路线方针政策，具有很强的政治敏锐性和政治鉴别力，善于从政治上观察、分析和处理问题，在大是大非面前始终保持清醒的头脑，经受住了各种风浪的考验。他坚持解放思想、实事求是、与时俱进，善于统揽全局，考虑问题全面，处事严谨稳妥，注意抓住工作中的重点难点，能够调动各方面的积极性，具有很强的宏观决策能力和很高的领导艺术、领导水平。他始终把党和人民的利益放在至高无上的位置，恪尽职守，忘我工作，
具有强烈的革命事业心和高度的政治责任感。他讲党性、顾大局，严格遵守党的纪律和政治生活准则，模范执行党的民主集中制，注意倾听不同意见，善于团结同志一道工作。他坚持和发扬党的优良传统作风，谦虚谨慎，平易近人，公道正派，光明磊落，密切联系群众，关心群众生活，真心诚意为人民谋利益。他生活朴素，廉洁奉公，严以律己，保持了共产党人优良的政治本色和高尚的道德情操。他尊重知识、尊重人才，关心同志，爱护干部，赢得了广大干部群众的尊敬和爱戴。
黄菊同志生病期间，十分顽强地同病魔作斗争，他一边治疗，一边带病坚持工作，直至生命的最后一息。他生前留下遗愿，要把遗体捐献给祖国的医学事业，他临终时嘱咐丧事从简，这都充分表现了一个共产党员和高级领导干部为革命鞠躬尽瘁、死而后已的高风亮节。
黄菊同志的一生是革命的一生，奋斗的一生，全心全意为人民服务的一生，献身于共产主义事业的一生。他的逝世，是党和国家的重大损失。我们要化悲痛为力量，学习他的革命精神、崇高品德和优良作风，更加紧密地团结在以胡锦涛同志为总书记的党中央周围，为建设中国特色社会主义的伟大事业而努力奋斗。
2012年12月24日，江泽民同志题写书名的纪实画册《黄菊》由上海人民出版社出版。画册分为“早年求学、基层工作”，“致力上海改革开放”，“献身全面建设小康社会”，“热爱生活、朴素情怀”四部分，收录430余幅照片并配以文字说明，从各个侧面展示了黄菊的高超领导艺术、优良政治本色、高尚道德情操。
