1917年1月22日（民国六年），吴阶平出生于江苏省常州市，幼年吴阶平在江南水乡那所闹中取静的大宅院里度过了最初的时光，4岁那年，父亲吴敬仪由人介绍来到上海宝成纺纱厂，小阶平也跟随父母告别了常州老宅，5岁那年，小阶平因父创办天津宝成纺纱厂而北上，很小的时候，父亲就教他认字，6岁时就能阅读《史记・项羽本纪》、《三国演义》等。10岁之前在私塾读《四书》、《五经》，打下较好的古文功底。同时也学习数学和英语，吴阶平的父亲是个经营企业很有办法的企业家，思想开明务实，主张子婿和亲戚们学医。医生能治病救人，又不会失业，还特别强调要做一个好医生，一定要到协和医学院学习。 1933年（民国二十二年），吴阶平从天津汇文中学毕业时，步其姐夫、长兄之后，选学了医学，由汇文中学保送进入北平燕京大学医预科。 1937年（民国二十六年），毕业于北平燕京大学，获理学士学位。同年，考取北平协和医学院。在学期间由于患肾结核症，切除右肾，休学了一段时间，至1942年仍以优异成绩毕业于北平协和医学院，获医学博士学位。吴阶平在学校期间，特别受到泌尿科专家谢元甫教授的栽培与赏识。珍珠港事件后，北平协和医学院被迫停办。协和名医如谢元甫、钟惠澜、关颂韬、孟继懋、林巧稚等相继来到中央医院（人民医院前身）任职。院长钟惠澜高标准、严要求，健全管理制度，彻底改造这座过去由法国修女控制的中央医院。几度春秋，培养出一批学有专长的医务骨干，吴阶平便是其中出类拔萃的新秀。 1942年（民国三十一年），他在中央医院任住院医师，以缜密的临床思维，认真负责的工作态度，对他所经管的病人的病史、病情的发展和变化了如指掌。 1943年，沦陷期间吴阶平最初接触地下党。抗日战争胜利，他曾经高兴过，不久幻想就破灭了。这时他又接触了几位中共地下党员，为他们治病，同时从他们那里接受了一些革命道理，开始认识了共产党。当时，中国杰出的外科专家、脑外科专家关颂韬到北大医学院主持外科。他要吴阶平帮助他去建立外科，一方面任外科讲师，一方面又兼任中和医院的住院总医生。吴阶平欣然接受了。 1944年（民国三十三年），吴阶平提升为外科住院总医师，翌年又升为外科主治医师。抗日战争胜利后，1946年―1947年他在北京大学医学院以讲师身份开始踏上讲台，同时兼任外科主治医师。 1947年，吴阶平经著名泌尿科专家谢元甫教授推荐，赴美国芝加哥大学进修，师从现代肿瘤内分泌奠基人哈金斯教授。哈金斯非常喜欢这个年轻、勤奋的中国学生，有时看见吴阶平干脆利落地做实验、做手术，感慨地说：“你有几只手啊！”由于手术技术不一般，吴阶平在美国落下了一个“三只手”的荣誉称号。吴阶平坦言自己手艺非常好，由于自己的手可能比一般人的小些，特别适合做外科医生，“开个小口就进去了”。 1948年，在进修即将结束时，哈金斯非常希望吴阶平能留下为自己主持临床工作。哈金斯在学生面前铺开了芝加哥大学医院开始兴建的科研大楼蓝图：“这是你将来的实验室，这是办公室。我可以把你的家眷都接来。”然而，吴阶平却婉言谢绝了。于1948年12月回到中国。 1949年，吴阶平在北京大学医学院任外科副教授，即筹划建立泌尿外科。 1951年，当中国人民志愿军在三八线上浴血奋战时，他作为北京市抗美援朝志愿军手术队队长，率领一支精干队伍奔赴长春，在后方医院工作，荣立了大功。 1956年―1957年间采取了改进措施，即在用手术切断输精管尚未结扎之前，向远段精道（即输精管、精囊、后尿道）注入少量杀灭精子的药物（如醋酸苯汞溶液）。此法简便可靠，1958年发表后，已在全国推广使用，对计划生育工作做出重大贡献。 1960年吴阶平遇到一例临床诊断为“嗜铬细胞瘤”，而手术表明并无肿瘤，只发现髓质增生。他查遍内分泌学专著，或否认有这种疾病存在，或根本忽略这一情况，在文献资料中他查到4篇报告，其中提到6例与他所见的类似。他认为此症虽属罕见，但不容忽视。 1960年―1976年的16年中，他收集到17个病例。在经历3个病例之后，他已能做到手术前即诊断为髓质增生。当时的化验条件不够完善，而且多数病例是“文革”期间收集的，但足以证明有这种疾病存在。医生在临床工作中能够确定某一种疾病的存在则属于重大贡献。卫生部授予他科技成果甲等奖。 1962年，周恩来总理派他率领中国医疗组去印度尼西亚为苏加诺总统治疗由于肾结石而使机能遭到阻障的左肾，经过4个月的努力，取得了十分完满的结果。总统的私人医生、商业部长苏哈托专门把各国记者请到总统别墅，发表声明表示感谢，并介绍以吴阶平为首的中国医学专家们同记者见面（新华社于1962年5月7日发了消息）。声明说，为总统进行治疗的维也纳医疗组曾经认为，总统的肾脏如果在三个月内或者最迟六个月内不能恢复机能，那么就必须动手术。由于中国医疗组的治疗，苏加诺总统的健康情况极为良好，特别是他的左肾已恢复功能。出此总统可以避免动手术了。苏加诺总统和夫人设宴欢送中国专家。吴阶平为此被授予印尼国家二级勋章。从此后，苏加诺有个伤风感冒的，也要把吴阶平请去。 1977年他在《中华医学杂志》上发表了有关这17个病例的报告。其中只有一例是错误诊断；其他16例病例或者治愈，或者治疗效果较好，病情有显著改善。这16例均有病理资料。16例中有一部分曾先在其他医院诊治，均被诊断为“嗜铬细胞瘤”。 1978年他又在《中华医学杂志》英文版发表了他的专题报告。1979年美国《泌尿外科年鉴》选入了这篇英文报告，摘要刊出，给予很高评价，国际医学界正式承认吴阶平的这项创见。 1983年9月他参加在联邦德国举行的国际外科学会第30届大会，并担任大会副主席，在会上作了“肾上腺髓质增生15例长期随诊”报告。此项随诊复查工作一直延续到1985年，无一例演变为嗜铬细胞瘤。 2001年，获香港大学荣誉科学博士。 2011年3月2日21时18分在北京逝世，享年94岁。
