1931年1月1日，洪孟民出生于浙江临海城关。儿时适逢战火连年，洪孟民年纪轻轻就加入了逃难队伍。 1945年抗战胜利，进南昌江南中学就读高中。完成一年级学业后，才回到家乡。可惜误过了报考高中的时机。这时，他听说天台有两所中学有高中，顾不上天热一早就上路了。 1947年酷暑，在临海通往天台的山路上，行走着一位绿衣使者--邮递员，作伴的是一"苋菜后生"。他肩上挑的一头是被铺，另一头是书籍和日常用品。他们挥汗如雨，翻山越岭，走了近百里路，才到达天台县城。后者，就是洪孟民。到天台天已经漆黑，第二天去天台中学，不巧也是报考已过。于是赶到玉湖洪村私立育青中学总部。经过一番口试，插班到二年级就读。 1948年，洪孟民转学到临海回浦中学。 1949年7月，毕业于临海回浦中学高中部，考入国立浙江大学理学院药学系。 1952年，因院系调整随药学系转到上海第一医学院(今复旦大学)药学院继续学习。 1953年，毕业于上海第一医学院，分配至中国科学院上海植物生理研究所工作。 1956年至1960年，师从沈善炯先生攻读研究生。 20世纪70年代初，中国的一些医院中有抗药性致病菌出现，给医疗工作带来困难。洪孟民与同事们从临床上收集了许多这种细菌，研究后证明这些菌株中均带有可接合转移的抗药性质粒。在研究的同时，他们还与医生合作，探讨如何合理使用抗菌素以减少抗药性致病菌在医院中漫延的可能措施。 20世纪80年代初，农村反映养猪场流行仔猪黄痢病，其致病菌是一种产肠毒素的致病性大肠菌。洪孟民与同事们与畜牧专家合作，后研究出基因工程无毒疫苗给怀孕母猪免疫，仔猪吃了免疫母猪的初乳后，即获得抗体，因此仔猪死亡率大大降低。 20世纪80年代中期，洪孟民与小组同事开始研究水稻蜡质基因的调控机制。 1991年，当选为中国科学院学部委员(后改称院士)。 1999年，获何梁何利科学与技术进步奖。 2012年11月13日16时25分，洪孟民院士因病医治无效，在上海市第六人民医院逝世，享年82岁。
