长期以来，叶祥奎从事古鱼类、古鳄类、古鸟类和古龟鳖类的研究，其中尤为后者见长，为我国唯一的古龟鳖学专家。他曾经出版过《脊椎动物话古今》等著作和多篇论文，其中《四川自贡大山铺侏罗世恐龙动物群的研究》获国家自然科学二等奖(与人合作完成);《中国古爬行动物及其近亲》、《中国化石和现生龟鳖类》两部英文专著分别获中科院科技成果三等奖。他曾任中科院古脊椎所爬行动物研究室主任、学位委员会委员，《古脊椎动物学报》、《中国两栖爬行动物学报》编辑部编委，北京市动物学会、中国两栖爬行动物学会理事。曾参加《辞海》、《中国大百科全书》等辞书的编写。还兼职担任山东山旺古生物馆研究员、四川自贡恐龙馆名誉研究员和北师大生物系客座教授，享受国务院政府特殊津贴。 他曾应邀赴日本、美国和香港进行学术访问，并于1987年作为亚洲唯一代表参与在美国纽约举行的国际古龟鳖学学术研讨会，宣读论文，获得好评。
